От месец януари 2004г. дирекцията е със статут на Изпълнителна агенция по Програма ФАР, като към настоящия момент заедно с другите Изпълнителни агенции по ФАР е преминала през етап II (“Запълване на пропуските”) от процеса за преминаване към Разширена децентрализация за изпълнение на проекти (EDIS), като основно изискване за преминаване към управлението на Европейските Структурни фондове. Създадена е следната организационна структура, която да отговаря на изискванията на ((EDIS), състояща се от :
Директор (Заместник ръководител на Програмата ФАР), три отдела, отговарящи за изпълнението на ФАР проектите, а именно: Отдел “Търгове и договаряне”, Отдел “Изпълнение на проекти” и Отдел “Финансов”, един поддържащ Отдел “Координация на програми”, който отговаря за координирането на всички дейности по Програма ФАР, както и един нов Сектор „Вътрешен контрол”, който извършва предварителен контрол на процесите на договаряне и разплащане за гарантиране на съответствие с процедурите и нормативните изисквания на европейската комисия и република България
За периода 2003г. – 2005г. дирекция “ППП”, изпълняваше функции си на Звено за изпълнение на проекти, отговаряше за техническото изпълнение на шест проекта в сектор “Икономическо и социално сближаване”, финансирани по програма ФАР – Финансови меморандуми 2000, 2001, 2002 и 2003 и осъществи оперативен мониторинг на общо 251 договора за безвъзмездна помощ, разпределени както следва:
BG 0102.01 “Консултантски услуги за малки и средни предприятия и технологична грантова схема” – 88 договора; BG 0102.02 “Високотехнологични бизнес инкубатори” – 49 договора; BG 0102.03 “Развитие на културния туризъм в България – 19 договора; BG 0202.02 “Развитие на българския екотуризъм” - 27 договора; BG2003/004-937.02.03: “Въвеждане на клъстерен подход и установяване на клъстерния модел”.
Общата стойност /по проектен фиш/ на проектите, за които дирекция “ППП” отговаря за техническото изпълнение и мониторинг, в качеството си на ЗИП е 39 090 000 евро.
С подписването на Финансов меморандум 2004, ІІ част, между Правителството на Република България и Европейската комисия, в края на месец януари 2005г. официално стартира изпълнението на проекта по Програма ФАР BG 2004/016-711.11.04 “Подкрепа за повишаване на конкурентноспособността на българските предприятия”.
Проектът е подготвен от Министерството на икономиката и енергетиката (МИЕ) и се управлява от Изпълнителната агенция по Програма ФАР в министерството – дирекция “Предприсъединителни програми и проекти” Проектът (І фаза) е на стойност 12 млн евро.
С изменение и допълнение на УП на министерството (Държ.вестник No 69/23.08.2005 г.) на Дирекцията са възложени функциите, свързани с подготовката, организацията и координацията на дейностите, свързани с изпълнението на ангажиментите, предвидени в Стратегията за участие на Република България в Структурните фондове на европейския съюз, а също така и изпълнение на функциите на бъдещ Управляващ орган по осъществяване на Оперативната програма „Развитие на конкурентноспособността на българската икономика”.
Дирекция “ППП” се подготвя за управлението на Структурните фондове, от началото на м. ноември 2003г. с включването на съответните функции на дирекцията в Устройствения правилник на МИЕ. Ефективната подготовка на дирекцията по отношение на работата й по СФ на ЕС започна през м. ноември 2004г. със стартирането на Туининг проект за укрепването на административния капацитет на МИ, като Управляващ орган на ОП.